Bažnyčios atgimimas marijonų priežiūroje ir sielovadinė veikla joje
Oficialus vienuolynų likvidavimas nereiškė, kad vienuoliai, jų ordinai bei kongregacijos Lietuvoje išnyko. Marijonai taip pat sugebėjo veikti slapta, priimti naujus narius, kuriems mokyti įsteigė pogrindinę seminariją aktyviai apaštalavo, ugdė vidinį gyvenimą ir netgi vystė misijinę veiklą kitose Sovietų Sąjungos respublikose. Lietuvai atkūrus nepriklausomybę, 1991 m. gruodžio 17 d. Lietuvos marijonų vienuolijos provincijolas Pranas Račiūnas raštu kreipėsi į Kauno miesto valdybą prašydamas nedelsiant priimti potvarkį dėl neteisėtai sovietų valdžios atimto žemės ploto ir pastatų grąžinimo marijonams. 1992 m. liepos 15 d. šv. Gertrūdos bažnyčia kartu su vienuolyno pastatais buvo sugrąžinta Švč. Mergelės Marijos Nekaltojo Prasidėjimo Kunigų Marijonų (MIC) kongregacijai. Tokį sprendimą vadovaudamasi Lietuvos Respublikos vietos savivaldos pagrindų įstatymo 7 straipsnio 11 punktu ir Lietuvos Aukščiausios Tarybos įstatymu „Dėl maldos namų bei kitų pastatų grąžinimo religinėms bendruomenėms“, Kauno miesto taryba priėmė 1991 m. gruodžio 19 d. Bažnyčią priėmė marijonų kongregacijos Lietuvos provincijos atstovai: kun. Juozas Poderis – šv. Gertrūdos bažnyčios rektorius, ir kun. Pranas Račiūnas – Lietuvos marijonų provincijolas. Komisija akte nurodo, kad bažnyčios būklė bloga, susidėvėjimas 73%. Kartu buvo perduotas vienuolyno pastatas, pastatas Laisvės al. 101, ūkiniai pastatai ir kiemo įranga. Perdavimo-priėmimo aktą patvirtino miesto meras A. Račkauskas 1992 m. liepos 23 d.
Per dešimtmetį marijonai atliko sudėtingą bažnyčios pastato restauraciją ir vienuolyno renovaciją. Užbaigus didžiojo altoriaus restauracijos darbus, šventovės interjeras buvo visiškai sutvarkytas. Šv. Gertrūdos bažnyčios interjero apipavidalinimo pagrindinis akcentas yra vientisas ansamblis – trys altoriai, sakykla, karūnuota šv. Jono Nepamuko skulptūra, ir choro galerija, turinti originalių vertingų pereinamojo laikotarpio iš baroko į klasicizmą architektūros bruožų. Šis puošnus ansamblis sudaro įtaigų kontrastą su restauruotos gotikinės bažnyčios kukliu lubų ir sienų dekoru. Presbiterijos pusėje, kur skaitoma Evangelija, Švč. M. Marijos Nekaltojo Prasidėjimo altorius savo titulą išsaugojo per šimtmečius iki šių dienų. Dešinio, epistolos pusėje esančio, altoriaus titulas keitėsi, dabar jis paskirtas Švč. Jėzaus Širdžiai. 1998 m. dailininkas Vaidotas Kvašys šiam altoriui nutapė modernų paveikslą, kuris su baroko altoriumi sudaro darnią vienovę. Altoriaus damą ypatingai išryškina naujas sidabrinis tabernakulis, papuoštas auksuotu reljefu (autoriai Romas ir Raimonda Rasimavičiai, 1999 m.). Į gotišką interjero dekorą darniai įsiliejo 1997 m. V. Kvašio sukurtos Kryžiaus Kelio stotys, padarytos iš akmens masės. Abipus pagrindinių durų yra du originalūs žuvies formos indai švęstam vandeniui (autorė keramikė Jolanta Kvašytė). Bažnyčios centre, išilginėje simetrijos ašyje tarp senojo didžiojo ir naujojo altorių, stovi kryžius su Nukryžiuotojo skulptūra, nuo seno laikomas stebuklingu. Jo stebuklingumą patvirtina padėkos ženklai – votai, kurie, pritvirtinti prie skydų, gražiai puošia presbiterijos sienas. Votai – iš sidabro padarytos plokštelės su reljefiniais atvaizdais, širdys, rankos, kojos, kryželiai, klūpančios figūrėlės, monogramos ir kt. Dauguma votų turi meninę vertę, kai kurie yra reti. Į visą ansamblį darniai įsilieja altorius (projekto autorius V. Kvašys, atlikėjas Tomas Vosylius, 2001 m.) ir pulpitas (autorius T. Vosylius, 2001 m.), kurių dekoro simbolika siejama su Šventuoju Raštu. Dr. Laimos Šinkūnaitės nuomone, Lietuvoje reta bažnyčia turi tokį harmoningą ir jaukų interjerą, kuriame, vienas kitą papildydami, puikiai sutaria gotikos, baroko ir XX-XXI a. sandūros meno kūriniai.
Apie sielovadinę marijonų veiką šv. Gertrūdos bažnyčioje kalbėsime atskirai, išryškindami tradicinio pamaldumo prie stebuklingu laikomo kryžiaus puoselėjimą ir marijonų talkininkų – bendradarbių pagal pal. Jurgio Matulaičio dvasią – veiklą. Kauno vienuolyno namų vyresnysis 1996-2005 metais buvo kunigas Prosperas Bubnys (1918 06 25–2012 08 05), bažnyčioje dirbo kunigas Konstantinas Velioniškis (1916 11 12–2012 07 05).
Nuo 2015 rugsėjo mėn. 2 dienos rektoriaus pareigas eina marijonas kunigas Tomas Miliauskas, jam talkina – kunigas Kęstutis Brilius, MIC ir brolis klierikas Giedrius Bakūnas, MIC.
Nuo 2018. birželio mėn. bažnyčios rektoriaus pareigas eina marijonas kunigas Kęstutis Brilius, o vikaro pareigas – kunigas Giedrius Bakūnas MIC.
Šv. Gertrūdos bažnyčia yra neparapijinė. Taigi bažnyčioje vykdoma pastoracija yra saistoma rektoratui privalomais Bažnyčios teisės kanonais 556-563. Pagal. kan. 558 reikalavimus, rektoriui neleidžiama jam patikėtoje bažnyčioje vykdyti specialiai klebonui patikėtų funkcijų, išvardintų kan. 530, Nr. 1-6, jeigu klebonas tam nepritaria arba, esant reikalui, jo tam nedeleguoja.
J. Grigonis