1940 m. vasaros įvykiai buvo vėlesnių sovietinių dešimtmečių prologas, kad komunistų partija negailestingai kovos su Katalikų Bažnyčia. 1940 m. liepos 4 d. „Lietuvos aide“ pasirodė pirmasis straipsnis, kuriame buvo pasiūlyta nedelsiant nacionalizuoti vienuolynų nekilnojamąjį turtą, uždaryti konfesines mokyklas, uždrausti vienuoliams dirbti prieglaudose, darželiuose, lopšeliuose. Ši programa netrukus buvo pradėta įgyvendinti, ir 1940-1941 m. vienuolijų socialinė veikla buvo nutraukta, gyvybingas vidinis funkcionavimas sutrikdytas, nors oficialių teisinių dokumentų prieš vienuolynus priimta nebuvo.
Kunigų marijonų kongregacijos Marijampolės vienuolyno patalpos 1941 m. buvo sekvestruotos ir perduotos įgulos štabui, Kauno ir Panevėžio vienuolynai nacionalizuoti, vienuoliai ir klierikai iškraustyti. Kaune marijonų kongregacijos namai buvo nacionalizuoti 1940 m. gruodžio mėnesį, o su jais ir šv. Gertrūdos bažnyčia bei klebonija, esančios vienoje sodyboje su marijonų namais. Bažnyčios rektorius bandė skunde Namų nacionalizavimo skundų komisijai išaiškinti, kad kongregacija ir jai administruoti pavesta bažnyčia su klebonija yra skirtingi juridiniai vienetai, bet veltui.
1940 m. birželio-liepos mėn. Bažnyčia buvo atskirta nuo valstybės, konkordatas nutrauktas, o nuncijus buvo priverstas palikti kraštą. Buvo pradėta suiminėti kunigus, vienuolius, daugiausia dėl bandymų pabėgti į Vokietiją, nelojalių pamokslų. Iš marijonų pirmasis buvo suimtas kunigas Vladas Mažonas (1881-1945), tuomet gyvenęs Vilniaus namuose, jis buvo ištremtas ir mirė Sibire.
Nors Bažnyčios vadovai bandė užtarti vienuolynus, – Kauno metropolijos ordinariato vardu vyskupas V. Brizgys 1940 m. rugpjūčio 26 d. kreipėsi į Lietuvos SSR ministrą pirmininką ir vyriausybės narius, bet jų kreipimaisi būdavo ignoruojami, kaip ir kiti dvasininkų pareiškimai ir skundai dėl akivaizdžių įstatymo pažeidimo atvejų.
1941 m. birželio mėn. Lietuvą okupavus vokiečiams, Bažnyčios ir vienuolynų gyvenimas atgijo. Marijonams Kaune nusavintą turtą 1941 m. liepos 23 d. raštu Nr. 355 Kauno miesto valdyba sugrąžino, bet vokiečių okupacinė valdžia niekad nepripažino marijonų namų jų nuosavybe, marijonai turėjo už savo namus mokėti nuomą. Šv. Gertrūdos bažnyčioje Kaune šventomis dienomis buvo paprastai laikomos penkerios šv. Mišios, kad aplinkiniai tikintieji šioje mažoje bažnytėlėje pasikeisdami galėtų išklausyti Mišias. 1943 m. liepos 5 d. buvo gautas leidimas vienam kunigui laikyti antrąsias Mišias dieną. Nuo 1945 m. rugsėjo 20 d. bažnyčios rektoriaus pareigas perėmė kun. Andrius Vytautas Rimas.
Po Antrojo pasaulinio karo pabaigos sugrįžę sovietai vienuolynus Lietuvoje likvidavo keliais etapais: 1) 1944-1948 m. vienuoliai buvo versti išsiskirstyti dėl nepakeliamų mokesčių ir nacionalizavimo kompanijos; 2) 1948 m. ėmė likviduoti vienuolynus. 1948 m. imta masiškai uždarinėti bažnyčias bei registruoti dvasininkus. Registruojant religines bendruomenes dauguma Lietuvoje veikusių katalikų vienuolynų negavo registracijos dokumentų, nes pagal Sovietų Sąjungoje galiojusius religinių susivienijimų įstatymus jų veikla tiesiogiai nebuvo susijusi su religinio kulto atlikimu, todėl vienuolynai ir negalėjo formaliai egzistuoti. Tai nulėmė ne tik krašto sovietizacijos tempai, bet ir naujo Religinių kultų reikalų tarybos įgaliotinio B. Pušinio pozicija. Buvo vengiama tiesioginių nutarimų, o vienuolynų mažėjimą buvo stengiamasi parodyti kaip pasikeitusių politinių, socialinių sąlygų padarinį, natūralų sunykimą. Vienuolynai nebuvo registruojami, o vienuoliams būdavo nurodoma per tris dienas išsikraustyti kaip neregistruotiems, leidus pasiimti tik asmeninius daiktus, kitą turtą perimdavo Vykdomasis komitetas. Tai buvo vienašališkas valdžios sprendimas, Bažnyčios vyriausybė apie planus uždaryti neįregistruotus vienuolynus nebuvo informuota.
Marijonams Kaune registruotis leista nebuvo, jų namai 1946 m. birželio mėn. 20 d. buvo nacionalizuoti, į rektoriaus prašymą įgaliotiniui B. Pušiniui užregistruoti šv. Gertrūdos bažnyčią taip pat nebuvo atsižvelgta. Tokiu būdu šv. Gertrūdos bažnyčia 1948 m. rugsėjo 30 d., pirmojo penktadienio išvakarėse, buvo uždaryta. Skaudžius bažnyčios uždarymo įvykius aprašė bažnyčios rektorius kun. Andrius Vytautas Rimas 1948 m. lapkričio mėn. 18 d. pranešime Kauno Arkivyskupijos valdytojui kun. Juozapui Stankevičiui. Rektorius rugsėjo 30 d. apie 9 val. ryte buvo iškviestas tuoj pat atvykti pas Kauno miesto Lenino rajono Vykdomojo komiteto pirmininko pavaduotoją Grybovą, kuris pareiškė, jog įgaliotinio B. Pušinio įsakymu, gautu per Kauno miesto Vykdomojo komiteto pirmininką Maniušį, bažnyčia tuoj pat turi būti uždaryta kaip neįregistruota pas Religinių kultų reikalų tarybos įgaliotinį prie Sovietų Sąjungos Ministrų Tarybos ir kaip nesudariusi sutarties su Kauno miesto Vykdomuoju Komitetu. Kol vyko šis pokalbis, Grybovo pasiųsta komisija atliko bažnyčios turto inventorizaciją. Tos komisijos nariai patys ir užrakino bažnyčią, paėmę raktus iš bažnyčios sargo. Kadangi buvo vidurdienis, žmonių bažnyčioje buvo nedaug, juos išvarę, komisijos nariai užantspaudavo duris, o raktą atidavė pirmininko pavaduotojui. Žmonės, įpratę kasdien, o ypač pirmaisiais mėnesio penktadieniais, lankyti stebuklingą kryžių, radę užrakintą bažnyčią klaupėsi ant žemės ir meldėsi lauke. Tai buvo tyli žmonių demonstracija. Grybovas reikalavo, kad Arkivyskupijos valdytojas įkalbėtų žmones pasitraukti, jam atsisakius, bažnyčią dieną ir naktį saugojo ir ginkluoti, ir neginkluoti sovietų sargybiniai. Rektoriui Švenčiausią Sakramentą iš bažnyčios išnešti buvo leista po 18 dienų. Spalio 16 dieną 12 val. 20 min Švenčiausią Sakramentą iš šv. Gertrūdos bažnyčios kun. A. V. Rimas pernešė komuninėje, modo privato, į Svč. Sakramento bažnyčią.
Iki 1948 m. gruodžio 31d. Kaune buvo uždaryta pusė bažnyčių (10), veikiančių liko dešimt. Kunigai išsiskirstė po kaimo vietoves, kunigų skaičių labai sumažino jų suėmimai ir tremtys. Paskutinis šv. Gertrūdos bažnyčios rektorius marijonas kun. Rimas A. altaristos pareigas gavo Kulautuvos bažnyčioje.
Kauno miesto tikinčiųjų atstovai, 20 asmenų, 1957 m. sausio 10 d. raštu kreipėsi į sovietų Lietuvos Ministrų tarybą su prašymu atgaivinti šv. Gertrūdos bažnyčią nurodydami, kad ši bažnyčia turinti tikintiesiems brangių istorinių tradicijų ir nesant aplinkui kitos katalikų bažnyčios labai reikalinga aptarnauti tikinčiųjų dvasinius reikalus. Prie rašto buvo pridėta tikinčiųjų pasitarimo protokolas ir tikinčiųjų atstovų pareiškimas, kurį pasirašė 20 tikinčiųjų, jų sąrašą patvirtino Butų ūkio valdyba, nurodydama, kad visi pasirašę tikrai yra Kauno miesto gyventojai. Svarstytam reikalui įgyvendinti tikinčiųjų atstovai sudarė komitetą. Pareiškimą komiteto vardu pasirašė pirmininkė Kazimiera Dobužinskaitė ir sekretorius Jonas Sadauskas.
Jurgis Oksas, 1979 metais atlikęs Kauno senamiesčio 35 kvartalo istorinius tyrimus siūlė restauruoti šv. Gertrūdos bažnyčią netgi interjerą o išorėje atkurti senus architektūrinius elementus, pašalinus vėlyvą fasadų tinką, kad Kauno senamiestis praturtėtų ryškiu akcentu.
Į šiuos pareiškimus atsižvelgta nebuvo, ir šv. Gertrūdos bažnyčioje įrengta Sveikatos ministerijai priklausiusi medicinos technikos parduotuvė, kuri veikė iki 1987 m. Tais metais buvo pradėti archeologiniai ir architektūriniai šv. Gertrūdos bažnyčios ir aplinkos tyrimai užbaigti 1989 m
J. Grigonis